第一章 體系建構: 起源和秦漢時期的應用
從《洪範》五材的分類配屬進化到鄒衍的五德終始說/《呂氏春秋》/《淮南子》/《春秋繁露》的五行間的生克關係，系統初成。
最初五行與各種物事的配對有過多種不同的方案。
在《內經》以前，木火土金水與臟腑的配對有文獻根據的至少有4種，之後直到宋時仍有人提出不同方案，但肝心脾肺腎的配對最後固定下來，主要是中醫的實踐，這或可從鄭玄注《月令》裡談到這種配對時說"若反其術，不死為劇"可見端睨。
另一方面，《內經》雖然廣泛應用五行生克作為一種思維中介來"說理"，但其應用並沒有統一的規律; 張仲景的《傷寒論》和《金匱要略》中應用五行學說的地方也不多。
故五行學說主要是提供了一個分類架構以彙總實踐經驗，後世比附五行的解釋難以自圓其说。
第二章 演繹探驗: 三國至宋、金、元的發展
此章從哲學、道教丹道及醫家三個方面討論五行學說在此一時期的發展。 哲學方面，主要受術數(包括算命)及宋明理學的影響。 在醫家方面，通過對晉唐時期的《脈經》、《輔行訣臟腑用藥法要》、《諸病源候論》、《千金方》和《外台秘要》，以及宋金元時的《小兒藥証直訣》、《素問玄機玄病式》、《脾胃論》和《相火論》等名著的討論比較，較詳細地考察了五行學說的應用/發展情形，主要聚焦在以臟腑作為疾病歸類、分証體系以至病機探索的綱領。
第三章 反思辨理: 明清嬗變與近代論爭
明清時期醫家對致病機理更為重視，有兩個重要趨勢: 一是更多地直接以臟腑間的關係來解說，二是出現大量五行間關係的新學說。 前者包括命門、肝腎同源和心腎不交等新說。 後者包括"五行互藏"，"五行顛倒"(倒生倒克)，以及對生克本義和本身之序的討論。 顛倒說邏輯上已是生克說的全面否定，五行學說發展到這一步，至少已說明這一學說無論如何大修小補，已經很難用來解釋、更遑論指導臨床實踐了。 此章最後一節扼要簡述了鴉片戰爭后至解放前，學術界批判五行學說的主要論點，以及醫學界對五行存廢之爭的正反雙方的主要觀點/意見。
第四章 存改之爭: 新中國成立以來的多學科研究
新中國成立后，哲學界一般認為中醫裡的五行學說是[自發]唯物的、有合理成分，提供了一個從整體上去把握人體健康的架構;
但又有嚴重機械化的傾向、不夠科學和不夠完善的地方。
此章也扼要簡述了至改革開放前，醫學界對五行存廢之爭及政府政策的幾次反復。
八十年代以後，一方面是存廢之爭繼續，另一方面是對五行多學科研究的開展。
後者包括潘衛星和張維耀分別從方法學和証偽、概念邏輯層次的研究; 祝世訥、楊學鵬、楊儉華、何裕民等人從系統論/模擬技術方面的研究; 以及潘衛星、胡化凱、戴永生、蔡永生等進行數理論證，和郭茂莢、高也陶、張啟明等的數學模型工作。
但中醫的五行，畢竟不是嚴格意義上的系統，故這類系統/數理模型的研究對中醫臨床沒有直接的指導意義。
第五章
問題與解析
此章把上述各章的內容總結歸納為五行學說及其所反映的思維方式的幾個主要問題並展開討論。
此章的最後一節的全文: 五行學說的變革方向。
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